Hm, jako dobra pitanja
Koliko su oni sigurni ? Da li je moguće da jedan krivi paket sa nekog repozitorija skrši cijeli sustav ?
Sigurnost pojedinog repozitorija nije baš moguće u potpunosti utvrditi, ali možeš se voditi nekim osnovnim, zdravorazumskim načelima - ako repozitorij održava netko iz službene ekipe razvijatelja, odnosno netko tko je direktno povezan s projektom, šanse su da je sasvim siguran.
Ako želiš dodati neki third-party ili "osobni" repozitorij, provjeri koliko ima paketa, koje su verzije i koji programi. Ako ti se čini da ih je "sumnjivo" malo, tipa ima samo dva paketa, ne moraš ga dodavati...ali možeš. Možeš i proguglati ime (vlasnika) repozitorija da vidiš ima li kakvih negativnih napisa o njemu na Internetu.
Jedan "krivi" paket može narušiti stabilnost sustava ako se radi o nekom "sistemskom paketu", u nedostatku boljeg izraza. Tipa, ako instaliraš neki lib, ili neki paket koji je povezan s desktop environmentom (nešto ključno za KDE, Gnome, Unity...). Takvi paketi će obično za sobom povući hrpu dependencyja, odnosno zahtijevat će noviju verziju drugih libova i ključnih paketa, i tako se vrlo lako možeš upetljati u dependency hell
Međutim, ako instaliraš samo novije verzije pojedinog softvera (Firefox, LibreOffice, Gimp...), ti paketi ne bi trebali imati utjecaj na čitav sustav. Eventualno će ti se skršiti taj komad softvera, ali to lako popraviš uklanjanjem te strgane i instalacijom starije verzije.
Da li je uopće pametno dodavati repozitorije (pa makar oni službeni bili, npr. od libreoffice-a ili googlea) ?
Pametno je ako znaš zašto to radiš

Ja, recimo, imam dodane neke "nestandardne", ne-defaultne repozitorije jer sam htjela imati novije verzije softvera od onih koje se nude za moju distribuciju. Ili sam htjela instalirati neke programe kojih nije bilo u repozitorijima distribucije, a nisam ih htjela ručno kompajlirati, već sam pronašla repozitorije njihovih developera i dodala ih, tako da mi automatski dolaze nadogradnje za te programe.
Pri dodavanju tih "nestandardnih" (opet, u nedostatku boljeg izraza) repozitorija trebaš paziti na to jesu li predviđeni za netestirane,
beta, unstable i slične verzije paketa, ili samo pružaju stabilne, ali novije verzije od onih u repozitorijima distribucija. Ako je ovo prvo slučaj, možda je bolje da izbjegavaš takve jer bi povlačenje nadogradnji iz njih moglo rezultirati nestabilnošću tih programa.
Većina "velikih" projekata ima repozitorij za stabilne verzije odvojen od onog u koji stavljaju najnovije, netestirane,
development ili
nightbuilds verzije. Najbolji primjer toga je vjerojatno Firefox. Onda, recimo, KDE ima Backports repozitorij u koji stavljaju nove verzije KDE-a za stare verzije Ubuntua i derivata - znači,
backportaju ih

tako da korisnici starijih verzija mogu imati najnoviji KDE, koji inače ne bi došao u njihove defaultne repozitorije.
Koje biste mi vi repozitorije savjetovali da jedino dodajem (naravno, ako bi mi trebali), a kojih da se klonim?
Odgovor na prvi dio pitanja ovisi o tome što želiš instalirati. Nisam još susrela neki "loš" repozitorij, pa nemam savjet za ovo drugo. Možda će ti netko drugi znati napisati nešto korisnije

i naravno, ispraviti me ako sam nešto pogrešno napisala.